Η εικόνα της Παναγίας σύμφωνα με την παράδοση βρέθηκε στα 1830 από το μοναχό Παρθένιο Λογιωτατίδη. Σήμερα όλος ο χώρος, η εκκλησία και τα κτίσματα είναι μετόχι της Ιεράς Μονής Παναγίας της Χρυσολεόντισσας. Ο υπόγειος χώρος που από πολλούς ονομάζεται «κατακόμβη» έχει δύο θαλάμους. Ο ένας είναι αφιερωμένος στην Αιγινήτισσα Αγία Αθανασία και ο δεύτερος στην Παναγία. Εκεί υπάρχει η «Εύρεση» της εικόνας της Παναγίας, που αναπαριστά τη Θεοτόκο ως «δεομένη» και η κατασκευή της χρονολογείται στον 17ο αιώνα».
Άλλη παράδοση αναφέρει ότι ένας μοναχός είδε στον ύπνο του την Παναγία που του υπέδειξε το μέρος που βρισκόταν η εικόνα, ενώ μια τρίτη έχει να κάνει με έναν γεωργό που οργώνοντας το χωράφι, είδε στο συγκεκριμένο σημείο να βγαίνει φως. Τέλος, άλλη παράδοση αναφέρει πως η Παναγία έσβηνε το καντήλι της και φανερωνόταν στη γερόντισσα Φλωρού Μπακομήτρου, που υπηρετούσε επί χρόνια εκεί ως νεωκόρος, για να πάει να το ανάψει.
Όπως και να έχουν τα πράγματα, η Φανερωμένη παραμένει σήμερα ένα από τα πιο αγαπημένα προσκυνήματα της Αίγινας, όπου κάθε χρόνο στις 23 Αυγούστου συγκεντρώνει εκατοντάδες προσκυνητών».
Η διώροφη κατοικία που υπάρχει μέσα στο χώρο, σύμφωνα με την ιστορικό Γωγώ Κουλικούρδη, είναι από τις παλαιότερες της Αίγινας και χρησιμοποιείτο ως κατοικία του επισκόπου Αιγίνης Σαμουήλ. Επίσης, στον χώρο αυτόν φιλοξενήθηκαν τα ορφανά παιδιά που με ενέργειες του Κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια εντοπίστηκαν στην Αίγυπτο και απελευθερώθηκαν από την Αλεξάνδρεια, μέχρι να τελειώσει το Ορφανοτροφείο». Παράλληλα, επισημαίνει ότι «μέχρι το 1828 ήταν αποθήκη εφοδίων, που έστελνε για τον αγώνα η Φιλελληνική επιτροπή.
Στα 1829 με 1830 μνημονεύεται από τον ιερομόναχο Παρθένιο Παντελάκη Οικονόμου – Λογιωτατίδη ή σύμφωνα με άλλους από τον Άνθιμο Γεωργάκη Οικονόμου – Λογιωτατίδη ο οποίος οδηγούμενος από τη γυναίκα που έβλεπε στον ύπνο του σκάβοντας στο πατρογονικό του χωράφι ανακάλυψε μια υπόγεια διπλή εκκλησία και σε μία σπηλιά την εικόνα της Παναγίας που από τότε ονομάστηκε «Φανερωμένη».
Ο χώρος με έξοδα του Παρθενίου καθαρίστηκε και άρχισε να λειτουργείται με εφημέριο τον Δημήτριο Κουμπενά, προσελκύοντας πολλούς πιστούς. Η τοπική παράδοση αναφέρει ότι ο Σπυρίδων Λογιωτατίδης μετά τη θαυματουργική εύρεση της εικόνας, άρχισε να κτίζει με δικά του έξοδα μια μεγαλύτερη εκκλησία πάνω από την υπόγεια. Όμως στις 28 Νοεμβρίου του 1848 ταξιδεύοντας προς Πειραιά πνίγηκε με το καΐκι που τον μετέφερε. Έτσι το έργο έμεινε μισοτελειωμένο και ο πατέρας του Γεωργάκης Λογιωτατίδης χάρισε το κτήμα με την εκκλησία στη Χρυσολεόντισσα.
Μία άλλη εκδοχή θέλει να μην έχει ολοκληρωθεί το κτίσιμο της Εκκλησίας από το φόβο μην υποχωρήσει το έδαφος από το βάρος και έτσι καταστραφεί ο υπόγειος ναός».
ΤΟ ΣΠΗΛΑΙΟ «ΚΑΤΑΚΟΜΒΗ»
Ως το 1834 η υπόγεια εκκλησία εόρταζε στις 25 Δεκεμβρίου, κάτι που δικαιολογεί και την περίφημη εικόνα της Γέννησης που υπάρχει στην εκκλησία.
Αργότερα εόρταζε του Ευαγγελισμού (25 Μαρτίου) και ως τις ημέρες μας στην Απόδοση της Κοίμησης της Θεοτόκου (23 Αυγούστου) και της Αγίας Αθανασίας (18 Απριλίου), ενώ ο υπόγειος ναός έχει εγκαινιαστεί από τον Μητροπολίτη Σαμουήλ. Ενδιαφέρον επίσης παρουσιάζει το σπήλαιο το οποίο έχει μελετηθεί από την Εταιρεία Σπηλαιολόγων και έχει χαρτογραφηθεί.
«Οι Αιγινήτες αναφέρουν το σπήλαιο ως «κατακόμβη». Ο χώρος είναι μεγάλος, ωστόσο η διαρρύθμιση του και τα χαρακτηριστικά του σπηλαίου δεν δικαιολογούν αυτό το χαρακτηρισμό» Επάνω από το σπήλαιο οι τοίχοι της μισοτελειωμένης πέτρινης Βασιλικής εκκλησίας ορθώνονται σήμερα ερημικοί να τροφοδοτούν τους θρύλους και τις δοξασίες για τη μη ολοκλήρωση της εκκλησίας.
