Ο όμορφος ναός που κτίστηκε στη θέση μιας παλαιάς μικρής εκκλησούλας την οποία οι κάτοικοι της πόλης αποκαλούσαν "Παναγίτσα" κτίστηκε στις αρχές του αιώνα. Η παλαιότερη - η μικρή - μνημονεύεται ότι υπήρχε το 1673 και κατεδαφίστηκε το 1906 για να κτισθεί η σημερινή.
Στην μικρή εκκλησία, κατά τη διάρκεια του αγώνα εκκλησιάζονταν κυρίως Στερεοελλαδίτες, Αιβαλιώτες, Μοσχονήσιοι και Ψαριανοί πρόσφυγες. Το 1841 έγινε επίσημα ενοριακός ναός.
Η ανέγερση της σημερινής εκκλησίας ολοκληρώθηκε το 1912 - 1913 οπότε και εγκαινιάστηκε από τον Άγιο Νεκτάριο.
Η θέση του παλαιού και του νέου ναού γειτνίαζε με τα εργαστήρια των σφουγγαράδων γι΄αυτό το 1899 αφιερώνεται από τους εργάτες της βιοτεχνίας σπόγγων μεγάλη εικόνα των Τριών Ιεραρχών.
Το εσωτερικό του ναού κοσμείται από αγιογραφίες του Αιγινήτη αγιογράφου Σταμάτη Σταματιάδη, του Κ. Λιώνη αλλά και του φημισμένου Αγιορείτη Αγιογράφου γέροντα Δανιήλ Κατουνακιώτη. Αξιοπρόσεκτη είναι επίσης η εικόνα του Αγίου Σώζοντα στο τέμπλο του ναού , έργο του Αγίου Σάββα του εν Καλύμνω.
Ο ναός αρχιτεκτονικά παρουσιάζει ιδιαίτερο ενδιαφέρον μ ετο πυργοειδές κωδωνοστάσιο, τον οκταγωνικό τρούλο με τα οκτώ παράθυρα αλλά και τους δύο μικρούς τρουλίσκους. Το 1924 στο κωδωνοστάσιο τοποθετήθηκε ρολόι.
Η "Παναγίτσα" που εορτάζει των Εισοδίων της Θεοτόκου στις 21 Νοεμβρίου είναι σημείο αναφοράς για την πόλη της Αίγινας. Από τις χαρακτηριστόκατες ψηφίδες της παραλίας που ενέπνευσε τους ζωγράφους που έζησαν και δημιούργησαν στην Αίγινα όπως ο Σπύρος Βασιλείου και η Μαρία Πωπ. Στέκεται στην άκρη του λιμανιού και προστατεύει την πόλη αλλά ιδιαίτερα τους ναυτικούς της.
Διακρίνεται στην εικόνα αυτή του 1910 ο ναός χωρίς σκεπή. Οι εργασίες δεν έχουν ολοκληρωθεί ακόμα. Σε πρώτο πλάνο το μηχάνημα που διαμορφώνει το λιμάνι της Αίγινας.
