απαρχές της ιστορίας της ανοικοδόμησης του Ιερού Ναού της Ευαγγελίστριας στην Κυψέλη αναζητούνται στα μέσα του 19ου αιώνα. Οι πρώτοι κάτοικοι του χωριού που ονομαζόταν τότε «Μαρνάς», αποφάσισαν να φτιάξουν ναό όχι στη σημερινή θέση της πλατείας της Κυψέλης, αλλά στην περιοχή που σήμερα βρίσκονται τα συνεργεία αυτοκινήτων στου «Μπρίκια», στη λεωφόρο της Κυψέλης. Η Εκκλησία άρχισε να κτίζεται το διάστημα 1840 - 45. Το νέο τους ναό τον αφιέρωσαν στον Ευαγγελισμό της Θεοτόκου. Όμως δεν πρόλαβαν να τον εγκαινιάσουν γιατί μέσα σε μια νύχτα, ολόκληρη η σκεπή του ναού γκρεμίστηκε. Κανείς τότε δεν μίλησε για κακή κατασκευή, αλλά οι παλαιοί χωρικοί απέδωσαν το γκρέμισμα του ναού ως «σημάδι» ότι η Παναγία δεν ήθελε την Εκκλησία της σε αυτή τη θέση. Για πολύ καιρό παρέμειναν εκεί τα χαλάσματα του οικοδομήματος, χωρίς κανείς να τολμήσει να πει πως πρέπει να ξαναρχίσει η ανοικοδόμηση του ναού. Με τον καιρό και λόγω της ύπαρξης της «χαλασμένης εκκλησιάς» εκεί, σε όλη την Αίγινα επικράτησε η τοπωνυμία «Στη Χαλασμένη Εκκλησία». Τελικά για έναν αιώνα επικράτησε η περιοχή , το χωριό να ονομάζεται «Χαλασμένη», μέχρι που ο πρόεδρος του Δ. Λορέντζος [Μητσάκης] εισηγήθηκε την μετονομασία του χωριού σε «Κυψέλη», γύρω στα 1949. Εν τω μεταξύ ο ναός παρέμενε για δεκαετίες μισογκρεμισμένος. Οι κάτοικοι του χωριού αναζητούσαν νέα τοποθεσία για την ανοικοδόμηση της εκκλησιάς τους. Η επιλογή έγινε στον χώρο που βρίσκεται σήμερα ο ενοριακός ναός, στη σημερινή πλατεία που τότε ήταν χωράφι ιδιοκτησίας της οικογένειας Πιτσιλού. Η ανοικοδόμηση του ναού πρέπει να έγινε μετά το 1858, διότι δεν αναφέρεται στον κατάλογο των Ενοριών της Αίγινας που έγινε από την Κυβέρνηση του βασιλέα Όθωνα. Ο νέος μικρός ναός που είχε ξύλινη οροφή κάηκε το 1875 από αβλεψία του ιερέα Βασίλειου Λυκούρη. Ο τελευταίος παρ’ ότι η φωτιά οφειλόταν σε ατύχημα, θεώρησε τον εαυτό του υπαίτιο και αφιέρωσε το υπόλοιπο της ζωής του στην ανέγερση του μεγάλου σημερινού ναού.
Ο π. Βασίλειος Λυκούρης κατέβαλε υπεράνθρωπες προσπάθειες για να συγκεντρώσει τα χρήματα. Μεγάλα ποσά για το κτίσιμο του ναού, κατέβαλαν οι σφουγγαράδες και βουτηχτάδες του χωριού, ενώ δωρεάν πέτρα και πουριά προσφέρθηκαν από τα πολλά νταμάρια που λειτουργούσαν τότε στην περιοχή. Η ανοικοδόμηση του ναού ολοκληρώθηκε το 1880 και από τότε λειτουργείται αδιάκοπα, ενώ αναγνωρίστηκε επίσημα και ως ενοριακός ναός. Χαρακτηριστικό επίσης είναι το στοιχείο ότι στο ναό αυτό υπηρέτησαν από τότε μέχρι σήμερα Κυψελιώτες ιερείς. Ο ναός αρχιτεκτονικά ανήκει στο ρυθμό του σταυροειδούς μετά τρούλου. Διέθετε ένα παλιό καμπαναριό πάνω από κεντρική του είσοδο, στο οποίο κατά πάσα πιθανότητα είχαν τοποθετηθεί καμπάνες από εκκλησάκι της Παλαιάς Χώρας. Στη δεκαετία του 1970 το εκκλησιαστικό συμβούλιο αποφάσισε το γκρέμισμα του μικρού καμπαναριού. Επίσης ο ναός από την αρχή εφοδιάστηκε με ρολόι το οποίο σήμαινε την ώρα και ρύθμιζε τη ζωή των χωρικών. Λίγο πριν το 1980 και όταν εφημέριος του ναού ήταν ο αρχιμ. Νεκτάριος Πανταζής, το εκκλησιαστικό συμβούλιο αποφάσισε να μεγαλώσει το ναό προς τη νότια πλευρά του ώστε να επαρκεί ο εσωτερικός του χώρος κατά τις μεγάλες εορτές του χρόνου. Τα σχέδια εκπονήθηκαν, αλλά ποτέ το έργο δεν ξεκίνησε. Λυσσαλέες αντιδράσεις μερίδας κατοίκων του χωριού που υποστήριζαν ότι θα αλλάξει η αρχιτεκτονική φυσιογνωμία του ναού αλλά και της πλατείας οδήγησαν στην ματαίωση του έργου. Διχογνωμίες, αντιπαλότητες, επεισόδια, αντιμαχόμενες συγκρούσεις, μικροκομματικές ανόητες διαφορές πίκραναν τον εφημέριο π. Νεκτάριο και δίχασαν την ενορία.. Τα χρήματα που είχαν συγκεντρωθεί χρησιμοποιήθηκαν για την αγιογράφηση του ναού. Εν τω μεταξύ κάποιοι μεθόδευσαν τις ενέργειές τους ώστε ο ναός και η γύρω από αυτόν πλατεία, να χαρακτηριστεί με απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού, «Διατηρητέο Μνημείο» [Φ.Ε.Κ. 574/26.6.1980]. Απόφαση που φέρει την υπογραφή του τότε υπουργού πολιτισμού Α. Ανδριανόπουλου.
Ωστόσο ο ναός της Ευαγγελίστριας στην Κυψέλη, χάρη στην αγάπη των σημερινών Κυψελιωτών και στις άοκνες προσπάθειες του εφημέριου της π. Νεκταρίου Κουκούλη και του εκκλησιαστικού συμβουλίου δεν παύει να είναι ένα αρχιτεκτονικό στολίδι, ένας όμορφος συμμετρικός ναός με νησιώτικες πινελιές και μεγάλες δόσεις Αιγινήτικης πέτρας. Δεν παύει να δεσπόζει με τον ασημί του τρούλο και το πέτρινο καμπαναριό πάνω από τις παλιές αγροικίες και τα νεώτερα κτίσματα του χωριού. Να είναι το κέντρο της λατρευτικής, πνευματικής και κοινωνικής ζωής του χωριού, που συγκεντρώνει τους ανθρώπους του τόπου στα πανηγύρια στις μεγάλες εθνικές και θρησκευτικές γιορτές, στις ευχάριστες και δυσάρεστες στιγμές τους. Να αποτελεί έτσι μια πραγματικά πνευματική ζεστή Κυψέλη, να ρυθμίζει την εργασία αλλά και να συντροφεύει τον ύπνο των Κυψελιωτών με το γλυκό ήχο του ρολογιού του.