Φράγκοι , Καταλανοί, Ενετοί, Τούρκοι αλλά και Σαρακηνοί πειρατές εναλλάσσονταν στις επιδρομές και στις κατακτήσεις.
Από το 1204 ως την κήρυξη της Επανάστασης του ’21, η Αίγινα έγινε συχνά θέατρο πολλών πολεμικών συγκρούσεων, επιθέσεων, λεηλασιών, άλλαξε αφέντες, διοικητές, δόθηκε ως προίκα σε πλούσιες βενετσιάνες πριγκίπισσες και χαρίστηκε ως δώρο από αυτοκράτορες σε φίλους ή συμμάχους τους.
Στα χρόνια αυτά οι Αιγινήτες έζησαν κυρίως στην Παλιά – Χώρα, στο εσωτερικό του νησιού, εξαιτίας των πειρατών που επισκέπτονταν συχνά το νησί και άρπαζαν, έκαιγαν, βίαζαν, έσφαζαν, αφάνιζαν. Οι κάτοικοι του νησιού, άλλοι σφάχτηκαν, άλλοι πουλήθηκαν ως δούλοι, άλλοι αιχμαλωτίστηκαν από τους επιδρομείς, οι πιο δυνατοί χρησιμοποιήθηκαν ως κωπηλάτες στα καράβια, ενώ οι νέες γυναίκες και τα κορίτσια οδηγήθηκαν στα χαρέμια των Τούρκων αξιωματούχων.
Είναι η εποχή όπου στην Αίγινα και ιδιαίτερα στην Παλαιά Χώρα εγκαθίστανται ο επίσκοπος Διονύσιος και μετέπειτα Άγιος. Βρισκόμαστε στο 1576. Η εποχή ήταν πάρα πολύ δύσκολη. Οι καταστροφές του Μπαρμπαρόσσα, οι σφαγές και η αιχμαλωσία 4.000 κατοίκων ήταν νωπές στη μνήμη των Αιγινητών. Η παρουσία του Αγίου Διονυσίου στην Αίγινα κρίνεται σημαντική. Κατάφερε στο σύντομο χρονικό διάστημα να μετατρέψει την Επισκοπή σε πνευματικό κέντρο και χώρο λατρείας. Εμψύχωνε και παρηγορούσε τους πληγωμένους Αιγινήτες, τους έτρεφε με πνευματική τροφή, τους στήριζε και τους χάριζε την ελπίδα της ανάστασης και της λευτεριάς.
Στα χρόνια αυτά μνημονεύονται μεγάλες καταστροφές. Τα κάστρα και τα τείχη της Αίγινας γκρεμίστηκαν, κατεδαφίστηκαν αρχαίοι ναοί και ιερά. Ισοπεδώθηκαν αρχαιολογικοί χώροι, φυγαδεύτηκαν σπάνια έργα τέχνης, πολλά καράβια λεηλατήθηκαν, αιχμαλωτίστηκαν ή καταστράφηκαν ολοσχερώς.
Αξίζει στο σημείο αυτό να υπενθυμίσουμε ότι:
Από το 1204 ως το 1451 έχουμε Φραγκοκρατία στην Αίγινα.
Από το 1451 ως το 1540 έχουμε την πρώτη περίοδο Ενετοκρατίας.
Το 1537 λαμβάνει χώρα η τρομερή επιδρομή του Μπαρμπαρόσσα.
Από το 1540 έως το 1687 έχουμε την πρώτη Τουρκοκρατία.
Από το 1687 έως το 1715 την δεύτερη περίοδο Ενετοκρατίας.
Και τέλος από το 1715 έως το 1821 την δεύτερη περίοδο Τουρκοκρατίας.
Η Αίγινα όπως και τα άλλα νησιά και οι υπόδουλες περιοχές της πατρίδας μας, υπέμενε τα δεινά των κατακτητών και καρτερούσε την στιγμή που η σπίθα της επανάστασης θα άναβε και θα πυρπολούσε τις σκλάβες καρδιές.
Κάπου – κάπου τα μηνύματα έφταναν και στην Αίγινα.
Οι έμποροι και οι ναυτικοί μετέφεραν το μήνυμα της ίδρυσης της Φιλικής Εταιρείας και στην Αίγινα. Αλλά και οι γείτονες Ποριώτες το ταξίδεψαν μέχρι την Αίγινα. Στο άκουσμα αυτό οι Αιγινήτες ανακουφίστηκαν γιατί έβλεπαν πως πλησιάζει η ημέρα της λύτρωσης. Και είχαν κάθε λόγο να προσμένουν, γιατί δεν είχαν τραβήξει και ίγα από τους Τούρκους.
Αναφέρεται, πως οι Τούρκοι είχαν δείξει ιδιαίτερη σκληρότητα εναντίον των προεστών και των λογίων του νησιού.
Ο καπετάν – Ζαχαριάς και ο Κολοκοτρώνης οργάνωσαν για τον σκοπό αυτό ολόκληρη εκστρατεία εναντίον των Τούρκων της Αίγινας. Μεγάλος αριθμός αρματωλών με τριάντα έξι μανιάτικα, σπετσιώτικα και κρανιδιώτικα καράβια αποβιβάζονται αιφνιδιαστικά στην Αίγινα και επιτίθενται κατά των Τούρκων το καλοκαίρι του 1792. Καταλαμβάνουν το διοικητήριο , κατασφάζουν την Τούρκικη φρουρά του νησιού και αρπάζουν αρκετά λάφυρα.
Βρισκόμασταν λίγο πριν την κήρυξη της Επανάστασης και η Αίγινα επιτέλους απολαμβάνει κάποιων ειδικών προνομίων που της παραχωρεί ο Καπουδάν – Πασάς του Αιγαίου.
Οι δραστήριοι Αιγινήτες έμποροι και ναυτικοί, κατορθώνουν με τον μόχθο και τον κόπο τους να φέρουν στο νησί πλούτο, αγαθά, εμπορεύματα και να ανεβάσουν ικανοποιητικά το βιοτικό επίπεδο του πληθυσμού.
Είναι η εποχή που στην Αίγινα κτίζονται σπουδαία κτίρια , απόδειξη της οικονομικής άνθησης των κατοίκων.
Μνημονεύεται η ανοικοδόμηση της έπαυλης του Βούλγαρη στην Περιβόλα το 1769, το Μετόχι της Φανερωμένης, που χρησίμευε ως κατοικία επισκόπου, τα τρία μεγάλα μαγαζιά του Καλοκέντη κοντά στην Παναγίτσα. Ο Πύργος του Μαρκέλλου, η Σπιτάρα του Λογοθέτη, στην οποία εγκαταστάθηκε κατόπιν το Εθνικό Τυπογραφείο, τα σπίτια των Λυμπερόπουλου, Ζωγράφου, η Εκκλησία της Μητρόπολης το 1806, το σπίτι του Κανάρη, το μέγαρο Βαρβάκη, το οποίο κατόπιν αγόρασε ο Λογιωτατίδης, του Πετρόμπεη, του Γεννάδιου, του Μαυροκορδάτου, του Σπυρίδωνα Τρικούπη, του Μηλοκάη, του Κοντόσταυλου, του Φίνλευ.
Η οικονομική άνθηση που αναφέραμε, δεν σημειώνεται μόνο στην Αίγινα. Παρατηρείται και στα υπόλοιπα νησιά του Σαρωνικού, όπως η Ύδρα, οι Σπέτσες, ο Πόρος. Χαρακτηριστικό των όσων λέμε είναι το γεγονός ότι η Ύδρα λίγο πριν την επανάσταση ΄διαθέτει 350 καράβια, ενώ η Αίγινα σύμφωνα με μαρτυρία του Λιγνού διέθετα 68 πλοία.
Ο στόλος αυτός με την κήρυξη της επανάστασης μετατράπηκε από εμπορικός σε πολεμικός, όπως έγινε και σε άλλα νησιά της πατρίδας μας, ενώ ο πλούτος διοχετεύτηκε στην αγορά όπλων και πολεμοφοδίων.