Ο Άγιος Στέφανος στην Παλιαχώρα εορτάζει σήμερα όπως και στις 2 Αυγούστου ημέρα ανακομιδής των λειψάνων του Αγίου. Η εορτή του στις 27 Δεκεμβρίου μέσα στο καταχείμωνο δυσκολεύει τους πιστούς να ανέβουν ως εκεί, γι' αυτό λειτουργείται πανηγυρικά στις 2 Αυγούστου. Το ναΰδριο του Αγίου Στεφάνου από τα πρώτα που συναντάμε στα καλντερίμια της Παλαιάς Χώρας είναι και από τα πρώτα που συντηρήθηκαν από την Αρχαιολογική Υπηρεσία το 1967. Σώζεται σε πολύ καλή κατάσταση και στο εσωτερικό του διατηρούνται αρκετές αγιογραφίες. Είναι μονόχωρη βασιλική στραμμένη προς το Νότο και η είσοδός της κοιτά το βορρά, ενώ το ιερό βήμα είναι τοποθετημένο εγκάρσια στο ναό.
Η ανέγερση της Εκκλησίας τοποθετείται στον 17ο - 18ο αιώνα, αλλά μετά την εγκατάλειψη της Παλιαχώρας κατέπεσε σε ερείπια, όπως και πολλές άλλες εκκλησίες. Σε αυτήν την κατάσταση βρισκόταν ο ναός την εποχή που ο Άγιος Νεκτάριος ανήγειρε την εκκλησία του μοναστηριού του (1904 -1908), την Αγία Τριάδα. Τότε μερικοί εργάτες είχαν πάει στις ερειπωμένες εκκλησίες της Παλιαχώρας για να βρουν πωρόλιθους και ανάμεσα σε αυτούς και ο Κυψελιώτης Αγησίλαος Χατζόπουλος, ο οποίος βρήκε έναν ογκώδη πωρόλιθο, αλλά, ενώ προσπαθούσε να τον σηκώσει, έμεινε ακίνητος και έχασε και τη φωνή του. Οι συνάδελφοί του, μη μπορώντας να κάνουν τίποτε, ειδοποίησαν τον Άγιο, ο οποίος πήγε στον τόπο, του διάβασε μια ευχή και έγινε αμέσως καλά.
Ο Άγιος Νεκτάριος, εξετάζοντας την πέτρα, αναγνώρισε πως είχε "εγκαίνια" και επομένως επρόκειτο για Αγία Τράπεζα ναού. Επειδή όλοι αγνοοούσαν την ονομασία της Εκκλησίας, κάλεσαν τον γέροντα εφημέριο του Βαθέος Συμεών Καλαμάρα, που γνώριζε καλά την Παλιαχώρα, ο οποίος τους εξήγησε πως πρόκειται για την εκκλησία του Αγίου Στεφάνου. Ο Χατζόπουλος από ευγνωμοσύνη προς τον Άγιο για το θαύμα του, επισκεύασε την ερειπωμένη εκκλησία και τοποθέτησε τα "εγκαίνια" στη θέση τους. Το περιστατικό αυτό είναι γνωστό στην Αίγινα και το διασώζει στο βιβλίο του "Χριστιανική Αίγινα" ο κ. Σ. Δημητρακόπουλος.
